Ok, dann weiter, die Suche wird über Ferndiagnose natürlich schwierig.
Als erstes möchte ich gern ausschließen, dass es an dem Blinklicht-Steuerkabel der Kofferentrieglung liegt. Denn da funktioniert ja definitiv etwas nicht. Funktionierten denn die Blinker vor dem Fehler der Warnblinkanlage beim betätigen der Kofferverriegelung?
Verfolge bitte mal das Topcasekabel, welches aus dem Topcasedeckel kommt, bis zum Stecker unter der Sitzbank. Wenn du ihn gefunden hast, der sollte hinter der Relaisbank sein, trenne die Steckerverbindung. Deine Topcaseverrieglung sollte nun mit der Fernbedienung nicht mehr funktionieren. Du hast dann den richtigen Stecker gefunden.
Dann schalte mal die Warnblinkanlage ein und kontrolliere ob wieder nur eine Seite blinkt oder eben beide Seiten.

Moin, moin
Schade dass ich da nicht mal selbst drauf schauen kann. Es ist immer einfacher den Fehler direkt an der Maschine zu suchen.
Denke aber daran, dass die Scheinwerfereinstellung nur funktioniert wenn der Motor läuft. Nur Zündung einschalten reicht nicht.
Inzwischen habe ich in einen Schaltplan des 2012er Modells schauen können. Auch dort ist die Diode für die Warnblinkanlage unter dem Sitz. Im Anhang siehst du das auf dem Foto. Es sollte an deiner Maschine also nicht anders sein. Außerdem ist mir aufgefallen, dass es bei deiner Maschine einen Verbindungsstecker geben könnte, das ist Quasi ein "Brückenstecker" Es ist ein 11-Poliger Stecker in dem ein "Brückenmodul" steckt. Die Kabelfarben sind 4x "Orange", 4x "Hellblau" und 3x Rosa/Weiß. Dieser Stecker ist auch für das Funktionieren von Warnblinklicht und Blinklichtanzeige der Fernbedienung zuständig. Da könnte also auch ein Kontaktproblem bestehen oder eventuell eine Brücke durchgebrannt sein.
Wenn du den Stecker finden solltest kannst du das Modul raus ziehen und dann immer die gleichen Kabelfarben mit einer Kabelbrücke verbinden. Also alle hellblauen Kabel mit einer Kabelbrücke zusammen klemmen, genau so die Orangen und die Rosa/weißen. Auf keinen Fall verschiedene Kabelfarben miteinander verbinden.
Dann testen ob die Blinker mit Warnblinkanlage und der Fernbedienung funktionieren.

Noch eine Frage. Hast du LED-Blinker eingebaut oder sind die Originalen vorhanden?

Ich hab nun auch einen Schaltplan von einer GL1800 ab Baujahr 2006 bekommen.
Hier ist noch mal ein Ausschnitt aus dem WHB. Da ist auch noch mal gezeigt wo die Warnblinkdiode sein soll. Ich denke, dass es bis Baujahr 2010 dabei kaum Änderungen gegeben hat.